Fundamentalmente uso Linux y OSX, aunque prácticamente uso las mismas herramientas en ambos. Aparte de las que todos conocemos, grep, ls, cp, mv... mis favoritas son las siguientes:
- vim: lo uso como único editor. No sé si será el mejor, pero usar el mismo editor para todo tipo de fichero es realmente eficiente.
- tmux: es una herramienta que permite tener varias terminales virtuales dentro de una. Es similar a GNU screen. Permite además conmutar rápidamente entre terminales (ctrl-b + NUM o ctrl-b + l), partir la pantalla vertical y horizontalmente (muy útil por si ejecutas un comando y quieres ver la salida de un tail -f).
- ack-grep: es un grep con esteroides, te saca las búsquedas coloreadas, ignora las carpetas .git .svn y demás especiales. Fundamental si eres programador
- git svn: es una parte de git, pero es tan útil para trabajar contra servidores subversion... :)
- gitk y gitg en linux, gitx en osx: son herramientas gráficas para ver las historia de un repo git, la mar de útiles cuando quieres ver los commit, hacer diffs y demás.
- rsync: espectacular herramienta para sincronizar ficheros entre carpetas, sobretodo entre diferentes máquinas.
- curl: para hacer peticiones web, permite hacer test, revisar las cabeceras (con -I, confieso que no puedo evitar echar un ojo a las cabeceras de los servidores web)
- ab (apache benchmark), para ir teniendo idea de las reqs/s, tiempo de respuesta, etc que tiene la applicación web.
- fabric: es una herramienta para automatizar tareas en servidores y permite hacer cosas un poco más complejas que con un simple ssh. Junto con bash y rsync automatizar es un gusto :P.
- firebug y web developer tools de chrome
- ipython: consola python con esteorides
Últimamente estoy probando vagrant (para gestionar máquinas virtuales), cada día trato de hacer músculo con vim, usar más los trucos de bash...